הצורך בבית כנסת המותאם למשפחות צעירות, הרצון הגדול לקשור קשרים של ממש עם בני ירוחם ובעיקר עם בני הנוער שבהם, הם שהביאו לייסוד בית הכנסת שסביבו נתהוותה הקהילה.

בקהילה חברות כמאה משפחות, מחציתן מאברכי הישיבה ובוגריה, מחניכי הסניף ומבוגריו. קהילת בית הכנסת בני עקיבא מהווה מקום השתייכות לציבור המאמין וחי על פי ערכי תורה והלכה, צניעות, ציונות וחברה, השואף להמשיך להתחנך ולחנך את ילדיה על פי ערכים אלו. הקהילה פתוחה לכל תושב המזדהה עם ערכים אלו על התפרטויותיהם המגוונות, ומעוניין להיות שייך אליה.

כקהילה אינטגרטיבית וכחלק מן היישוב, מטרתה להשפיע על אופיה של ירוחם (מבחינה ערכית ודתית) הן על ידי השתלבות חבריה בכל רבדי החיים – הקשר היומיומי, החינוך, ההנהגה הרוחנית והציבורית, והן על ידי עשייה מרובה ומעורבות ביישוב כקהילה.

  על מנת להוות בית חם, יציב ומשמעותי לחבריה, הקהילה משקיעה בפעילויות פנימיות – שבתות וחגים במשותף, לימוד תורה, התדיינויות ערכיות תדירות ושאר אלמנטים המאפיינים קהילה בריאה. הקהילה מאמינה כי קיומה על פי הנ"ל, אם יעשה מתוך ענווה וידידות, יביא לקרוב לבבות וימשוך אליה עוד משפחות ובנים חזקים ובכך יגרום להשארותם בירוחם, ויצור מציאות שתשפיע לטווח הרחוק על אופיה ודמויה של ירוחם.

בית הכנסת מתנהל בועדות מגוונות, הנותנות בטוי למגוון החברים, לגילאיהם השונים, ביניהן – ועדת הגוי, ועדת ארועים, ועדת נשים, ועדת ילדים, ועדת קליטה וגזברות.

גולת הכותרת של השנים האחרונות הייתה הכנסת ספר תורה הראשון לבית הכנסת (לפני כן קראו מתוך ספרים שאולים). בהשתתפות בני הקהילה, בני משפחותיהם, תושבים מירוחם ובנדבתו של מר בבר אמסלם (לעלוי נשמת אחיו משה אמסלם ז"ל) נאסף הסכום הנדרש ובחודש שבט לשנת תשס"ו בארוע רב משתתפים ומרגש ביותר הוכנס הספר לבית הכנסת. כתיבת האותיות האחרונות התקיימה בבית משפחת אמסלם, ומשם יצאה התהלוכה ברחוב הראשי לבית הכנסת, בהשתתפות מאות אנשים.